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公司不缴纳住房公积金有以下后果： 1、公司不办理住房公积金缴存登记或者不为职工办理设立手续的，由住房公积金管理中心责令限期办理。逾期不办理的，处1万元以上5万元以下的罚款； 2、公司不缴或者少缴住房公积金的，由住房公积金管理中心责令限期缴存。 逾期仍不缴存的，可以申请人民法院强制执行。

《住房公积金管理条例》第三十七条 违反本条例的规定，单位不办理住房公积金缴存登记或者不为本单位职工办理住房公积金账户设立手续的，由住房公积金管理中心责令限期办理；逾期不办理的，处1万元以上5万元以下的罚款。 第三十八条 违反本条例的规定，单位逾期不缴或者少缴住房公积金的，由住房公积金管理中心责令限期缴存；逾期仍不缴存的，可以申请人民法院强制执行。